二〇九七年三月。司波達也は深雪と水波を伴って沖縄を訪れる。四葉家として式典に出席する――というのは表向きで、真の目的は独立魔装大隊としてあるテロリストを捕縛することだった。しかし、沖縄にはあずさや服部ら先輩たちも卒業旅行に訪れていたうえ、ほのかと雫もバカンスを過ごしていた。さらに、達也の協力者として現れたのは横浜事変で因のある大亜連合の面々で……。南国を舞台に、メンバー入り乱れての大捕物が始まる！